В 1990-91 учебном году в г. Сибай был открыт факультет Башгоспединститута по специальностям «Педагогика и психология дошкольного воспитания» и «Педагогика и методика начального образования», в 1993 году – юридический факультет Башкирского государственного университета. И на этом же факультете открыто в 1994 году финансово-экономическое отделение БГУ.

В 1998 году путем слияния факультетов двух этих вузов был создан Сибайский институт (филиал) Башгосуниверситета (СИБГУ). В апреле 2004 года СИБГУ получил лицензию по  13 специальностям: «Биология», «Прикладная математика и информатика», «Технология и предпринимательство», «Физическая культура и спорт», «Музыкальное образование», «Педагогика и методика начального образования», «Педагогика и психология», «Филология» (башкирский, английский и немецкий языки), «Бухгалтерский учет и аудит», «Менеджмент организации», «Налоги и налогообложение», «Юриспруденция», «История» и по 7 направлениям подготовки бакалавров: «Биология», «История», «Менеджмент», «Прикладная математика и информатика», «Филология», «Экономика» и «Юриспруденция». В ноябре 2008 года Сибайский институт успешно прошёл процедуру повторного лицензирования и аккредитации.

Сегодня Сибайский институт явлдяется крупным научным и образовательным центром не только Зауралья, но всего Башкортостана. СИБГУ прошел государственную аккредитацию и имеет лицензию на право ведения образовательной деятельности.

В структуру института входят педагогический, историко-филологический, естественно-технический, юридический, экономический факультеты, отделение заочного обучения, факультет дополнительных профессий, факультет дополнительного довузовского образования. Институт тесно сотрудничает с Уральской государственной ветеринарной медицинской Академией города Троицка, с Магнитогорским государственным техническим университетом и другими вузами РБ и РФ, курирует представительство БГУ в Аргаяшском районе Челябинской области.

На 27 кафедрах института работают 549 человек профессорско-преподавательского состава, в том числе 47 докторов наук, 120 кандидатов наук. В СИ БГУ имеется развитая материально-техническая база, библиотечный фонд насчитывает более 120 тысяч экземпляров учебной и учебно-методической литературы.

В настоящее время в учебном заведении получают высшее образование по очной и заочной формам обучения около 5 тыс. студентов. Осуществляется подготовка кадров с высшим образованием не только для юго-восточного региона республики, но и для соседних областей, с которыми подписаны соответствующие двухсторонние договора. Анализ данных о приеме студентов за последние 5 лет свидетельствуют об устойчивой тенденции увеличения приема, несмотря на сложную демографическую ситуацию и уменьшение количества выпускников школ. Очевидно, что это определяется привлекательностью финансовой и региональной политики института.

В институте уделяется внимание работе с одаренными студентами. Многие из них становятся победителями республиканских, региональных, всероссийских конкурсов, олимпиад, соревнований. Команда студентов экономического факультета на протяжении нескольких леи становится победителем Всероссийского этапа Международного конкурса SIFE. В 2008 г . Команда участвовала во Всемирном конкурсе в Сингапуре. Более 25 студентов стали именными стипендиатами, в том числе Правительства РФ, Президента РБ, имени А. З. Валиди Тогана, Башкирского торгово-промышленного союза, ООО «Башкирская медь».

Во внутривузовской системе управления активное участие принимают студенты. В 2008 году Решением Ученого совета института в состав Ученого совета был включен представитель студенчества. Им стал Кутлин Максим, студент юридического факультета специальности «Юриспруденция». Кроме того студенты входят в состав Ученых советов факультетов. Студенты принимают участие в работе студенческого самоуправления, факультета дополнительных профессий, профсоюзной организации института, советов общежитий, старостата. В институте действует студенческое кадровое агентство «Вакансия», которое оказывает бесплатные услуги по поиску и временному трудоустройству студентов на неполный рабочий день.

 Систематическая работа в общежитиях по развитию самоуправления, по улучшению быта и условий проживания студентов, ежегодные смотры-конкурсы на звание «Лучшее общежитие», «Лучшая комната» дали свои результаты. Начиная с 2003 года на республиканском смотре-конкурсе «На лучшую организацию социально-бытовых условий проживания в студенческих общежитиях» выставленные на конкурс общежития занимают первые, вторые места, а в 2007 году общежитие №1 удостоен диплома Министерства образования и науки Российской Федерации.

Для охраны здоровья студентов созданы все условия – открыты 4 пункта медицинского обслуживания,  работает врач-терапевт, стоматолог, массажист. Работает оздоровительный центр, который оборудован фитобаром, тренажёрным залом, спелеокамерой, гидромассажным и физиотерапевтическим  кабинетами, сауной, бассейном,

Создан студенческий учебно-экспериментальный комплекс «Туяляс», который имеет 30 га земли. Там заложен фруктовый сад, выращиваются овощи, пшеница, разводят пчел, кроликов, коров и лошадей. В комплексе «Туяляс» проходят практику студенты естественно-технического факультета. Заключены более 200 договоров об организации практик с образовательными учреждениями, производственными предприятиями, организациями городов и районов РБ и за её пределами.

Важным направлением в воспитательной работе является организация досуга студентов. Сегодня в институте работают коллективы народного, современного, бального танцев, оркестр народных инструментов и духовой оркестр, ансамбль кураистов, десятки кружков, секций, научных клубов, на каждом факультете есть команды КВН. Все эти творческие коллективы имеют прекрасные условия для занятий и добиваются хороших результатов. Так, комиссия Министерства культуры и национальной политики РБ дала высокую оценку танцевальному коллективу «Ете ырыу» и духовому оркестру и присвоила этим коллективам звание «Народный». Студенты Сибайского института становятся лауреатами международных и республиканских, городских конкурсов, фестивалей. СИ БГУ вошел в шестерку сильнейших ВУЗов республики по развитию художественной самодеятельности студентов. По итогам 2007 года Сибайский институт признан лучшим учебным заведением города и награжден дипломом «Лучшее учебное заведение города Сибай».

Сибайский институт – один из центров спортивной жизни Башкортостана. Спортивная команда вуза многократно побеждала в соревнованиях по различным видам спорта. Так, например, она заняла призовые места в Открытом чемпионате РБ в г. Уфа по борьбе куреш в 2006 году. В 2007-2008 учебном году студенты института стали чемпионами и призерами республиканских и российских соревнований по полиатлону, борьбе куреш, лапте, кикбоксингу. В 2007 году студенты юридического и естественно-технического факультета стали Чемпионом мира по кунг-фу и обладателями Кубков Европы по кикбоксингу.

Сибайский институт по праву называют кузницей кадров для всего Зауралья. Выпускники института работают в Правительстве РБ, в налоговых инспекциях, в высших учебных заведениях, в управлении федеральной службы наркоконтроля, в банках России, в федеральной службе безопасности и многие из них занимают  руководящие должности.